退職代行を利用する際、退職理由は正直に伝えるべきですか？

伝えることをおすすめします。
退職理由をはじめ、退職に関わる事情はすべて把握しておいてもらったほうが、手続をスムーズに進めてもらいやすいからです。

なお、退職代行サービスの運営側が、会社に退職の意思を伝える際は、「一身上の都合で」と話すことが一般的です。
人間関係のトラブルや会社への不満などを正直に伝えてしまうと、会社側が感情的になり、退職手続が進まなくなるおそれがあるためです。
また法律上も、具体的な退職理由を伝えるは義務などはありません。