会社と労働者の間では契約で一定の就業時間に労働者が働くことが決められています。そして、早退は、決められた就業時間よりも早く帰宅することですので、会社が早退を許可せず、仕事を続けることを命じてもただちに違法にはなりません。
他方で会社には、労働者の健康に配慮する義務があります。体調不良も程度にはよりますが、労働者が業務を続けることが難しいと訴えているにもかかわらず、会社が早退を認めず、結果として労働者の体調が悪化した場合には、会社は労働者の健康に配慮する義務に違反しており、損害賠償請求の対象になる可能性があります。