労働基準法に違反した場合、違反事項によっては、懲役や罰金などの刑罰を科される可能性があります（労働基準法117条、121条）。
ただし、労働基準法に違反するとただちに刑罰が科されるわけではなく、多くの場合、まず違反状態を是正するように指導する「是正勧告」というものが労働基準監督署より出されます。是正勧告は、行政指導であって強制力はありませんが、違反状態はただちに是正する必要があります。
労働者は、違反事実を発見した場合、その事実を行政官庁または労働基準監督官に申告することができますが、会社はその申告を理由として労働者に対し解雇その他の不利益な扱いをしてはならないと定めています（同法104条）。
労働基準監督官は、労働基準法違反の罪について、刑事訴訟法に規定する司法警察官の職務を行うこととされており、逮捕や捜索、差押え、検証等の強力な権限が認められています（同法102条）。