「振替休日」とは、あらかじめ休日と定められていた日に働いたことにより、その代わりとして振り返られた休日のことをさします。単に労働日と休日を入れ替えるものとイメージするとわかりやすいかもしれません。あらかじめ休日と定められていた日は労働日になり、その日の労働は休日労働にはあたらないため、会社側に休日労働に対する割増賃金の支払義務は発生しません。
これに対して、「代休」とは、休日労働や時間外労働、深夜労働等が行われた場合に、その代償として、その日以降の勤務日の労働を免除するものです。休日と労働日を入れ替える振替休日とは異なり、代休はそのような入れ替えがないので、休日の勤務はそのまま休日労働となります。そのため、代休の場合、会社側に休日労働に対する割増賃金の支払義務が発生することになります。
また、振替休日の場合、休日とする日をあらかじめ特定することが必要になりますが、代休の場合には、あらかじめ休日とする日を特定する必要はありません。