労働基準法には、賃金全額払いの原則というものが定められています。そのため、賃金は全額支払わなければならず、控除することは原則として許されません。
もっとも、例外的に（1）法令に別段の定めがある場合、（2）具体的に金額の定まっている明白な項目を控除する旨の労使協定がある場合には、控除が許されることがあります。
今回のケースは、会社に損害を負わせた損害賠償ということですから、法令上特別な定めがあるわけでもありませんし、金額や項目についても明白で確定的なものであるとはいえず、（1）（2）のどちらにも該当しないため、給与から天引きすることは許されません。
したがって、まずは天引きを止めるよう会社に請求し、天引きとして引かれていた分を会社に対して請求していくことができます。ただし、損害賠償に理由がある場合、会社からその請求もされてしまう可能性があるという点には注意が必要です。