労働基準法では、有給休暇を取得した労働者に対しその賃金を減額するなど不利益な取扱いをすることを禁止しています（労働基準法136条）。
有給休暇は、労働者に休暇を与え、その日については働いたものとみなして賃金を支給することにより、労働者の健康促進や福利厚生を充実させることを目的としているものです。
有給休暇の取得を理由に労働者にとって不利な人事査定をすることは、有給休暇の取得に対する心理的なハードルを上げるものであり、有給休暇制度を設けた趣旨に反することになります。
そのため、有給休暇を取得したことを理由に労働者にとって不利な人事査定をすることは、労働者に対する不利益な取扱いとして労働基準法に違反し、認められません。
逆に、有給休暇を取得しない労働者について有利な人事査定をするのはどうでしょうか？
有給休暇を取得しない労働者が、有給休暇を取得する労働者に比べて、有利な評価をしてほしいという気持ちはわからなくもありませんが、この場合も有給休暇制度の趣旨に反するため、有利な人事査定をすることは認められません。